Župnija Koper - sv. Marko se razprostira po zelo strmem hribu Sv. Marka, ki ga danes imenujejo Markovec. Površina nove župnije je majhna, a v njej živi približno 11.000 ljudi in morda je 7.000 ljudi krščenih. To je del spalnega naselja mesta Koper, ki je nastalo v zadnjih tridesetih letih.
Takratni koprski župnik dr. Bojan Ravbar se je 24 let boril za lokacijsko dovoljenje nove cerkve. Arhitekturo za novo cerkev sta zasnovala arhitekta Ivan Bergant in Jože Marinko, ki je tudi izdelal načrte. Zgradilo jo je podjetje Stavbenik skupaj z nekaterimi sodelavci obrtniki in mojstri.
Župnijsko središče sv. Marka je zasnovano kot skupina različnih stanovanjskih, pastoralnih in sakralnih prostorov okoli vertikale - zvonika. Središče celotne kompozicije je tarbenakelj, ki leži v presečišču dveh glavnih osi objekta. Na simboličen način kaže, da je Kristus središče vsega in okrog njega se vse vrti.
Na belo nedeljo, 2. aprila 1989 je g. škof Metod Pirih blagoslovil temelje in vgradil temeljni kamen, ki je iz ruševin nekdanje cerkve na vrhu hriba sv. Marka (223 m nad morjem). Ni znano, kdaj in zaradi česa se je cerkev porušila.
Obenem je blagoslovil reliefe iz kapelice z vrha hriba Sv. Marka. V oltar je vgrajen relief Križanega. On, ki je svoj krik zapuščenosti povzel vso zapuščenost najbolj zapuščenih v svet in jih zedinil z Bogom.V ambon je vgrajen relief evangelista Marka in v krstni kamen pa je postavljen relief sv. Nazarija, ki z maketo v roki kaže, da je zavetnik našega mesta ter tu ponazarja 1500 letno izročilo krščanstva.
Cerkev je bila posvečena 9. septembra 1990.
V notranjosti cerkve naj se človekov pogled usmeri na bistveno, na oltar. Pokoncilska Cerkev se vrača k svojim izhodiščem. Zato je poudarek na enem daritvenem oltarju, okoli katerega je zbrano božje ljudstvo pri evharistični daritvi.
Pomembnost tega središča navzven poudarja zvonik, ki se dviga neposredno nad njim, navznoter pa svetloba, ki lije od zgoraj skozi svetlobnik na oltar in tabernakelj.
Strop in sedeži so modre barve, ki simbolizirajo naše potovanje po morju proti večnemu pristanu. V cerkvi je sedežev za 400 ljudi.
Mozaik je naredil p. Marko Ivan Rupnik z svojo skupino umetnikov Centro Aletti iz Rima, blagoslovil pa ga je škof ordinarij msgr. Metod Pirih 31.8.2003, ob 10. obletnici župnije.
Okrog cerkve so zasejane oljke, ki so značilne za istrsko področje in simbolizirajo vrt Getsemani.
Župnijo Koper je škof msgr. Metod Pirih ustanovil 22. avgusta 1993. Dobra polovica ljudi v župniji je krščenih, ena petina osnovnošolcev hodi k verouku, skoraj 600 ljudi hodi redno ob nedeljah k sv. maši. Čeprav je župnija mlada, se čuti vedno večjo pripadnost in v ljudeh je velika pripravljenost za sodelovanje.
Zaradi večjega števila učilnic in boljše možnosti za parkiranje, je tu središče Istrskega pastoralnega območja.